В Томской области используют 1036 источников централизованного хозяйственно-питьевого снабжения. Питьевую воду добывают из артезианских скважин. Исключение — три водозабора, использующие воду реки Томь для работы систем горячего водоснабжения и технических нужд города Томска.
Артезианские скважины защищены от поверхностного загрязнения отложениями из глины, состав воды стабилен. Микробиологические показатели подземных вод соответствуют нормам. Среди санитарно-химических показателей отмечено повышенное содержание железа, марганца и кремния. В северных районах в воде присутствуют нефтепродукты, фенолы, сероводород и метан.
Антропогенный фактор играет главную роль в загрязнении поверхностных вод. Особенно остро стоит проблема в Томской агропромышленной агломерации и районах добычи нефти и газа.