Главный источник водоснабжения в Республике Хакасия — подземные воды. Поверхностные воды обеспечивают всего лишь несколько поселков и сел: Майна, Черемушки, Жемчужный, Вершина Теи и Приисковое.
Главные проблемы с питьевой водой обусловлены природным химическим составом подземных вод. В Алтайском, Усть-Абаканском, Боградском, Ширинском и Орджоникидзевском районах вода жесткая. Превышение предельно допустимой концентрации нитратов зафиксировано в Алтайском (село Белый Яр), Боградском (село Бородино) и Бейском (село Бея) районах. В воде Усть-Абаканского района превышено содержание фтора.
Техногенное загрязнение подземных вод отмечено на селитебных территориях и отдельных участках в зонах влияния крупных промышленных объектов. Наибольшую нагрузку испытывают поселок Усть-Абакан, а также города Абакан, Черногорск, Сорск, Абаза, Саяногорск и их окрестности.