Большая часть воды в реках Республики Саха характеризуется как загрязненная. Количество фенола, нефтепродуктов, меди и цинка, содержащихся в воде, как правило, превышает предельно допустимые концентрации.
Основные загрязнители рек Лены, Колымы и их бассейнов — промышленные и золотодобывающие предприятия, нефтебазы, порты, судоверфи и жилищно-коммунальные хозяйства.
Из-за природных особенностей Якутии и замедленной геохимической реакции в условиях низких температур водные объекты самоочищаются очень медленно. В итоге качество воды существенно снижается.
Во время весенних паводков ситуация резко ухудшается из-за повышения цветности и мутности воды. Органолептические показатели ухудшаются до 70 градусов (норма — 20), а мутность — в 1,5 раза.
Низкое качество питьевой воды связано с малой мощностью очистных сооружений и неудовлетворительным состоянием водопроводных сетей, износ которых доходит до 80%. Необходимы создание санитарных зон охраны источников, очистка и дезинфекция водопроводных сетей.