Основной источник питьевой воды в регионе — подземные воды.
Большая часть запасов находится в незащищенных от загрязнений водоносных горизонтах. Недостаток в пресной воде из подземных источников испытывают юго-западные и восточные районы Оренбургской области.
Воды централизованного водоснабжения характеризуется повышенным содержанием солей жесткости, излишней минерализацией, а также присутствием железа, марганца, хлоридов, сульфатов и нитратов.
Основная причина постепенного ухудшения качества воды — использование крайне изношенных (до 70%) очистных сооружений и водопроводных сетей.
Качество поверхностных вод, используемых населением, в ряде случаев не отвечает нормативным требованиям к питьевой воде.