Для питьевого и хозяйственно-бытового снабжения Новосибирской области используют поверхностные и подземные источники. В сельских поселениях жители получают воду из подземных источников.
Главные источники поверхностных вод — Новосибирское водохранилище, а также реки Обь, Бердь, Иня, Омь и озеро Яркуль.
Новосибирское водохранилище по сравнению с другими водохранилищами Сибири отличается обилием водной растительности. В воде зафиксировано превышение предельно допустимой концентрации алюминия и железа.
В реке Оби обнаружено высокое содержание ионов железа. Летом и осенью возрастает загрязнение воды кишечной микрофлорой. Вода из Оби имеет запах, высокую цветность и жесткость, а также повышенный показатель биохимического потребления кислорода.